照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难……本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。
当小智的草帽被河风卷向威尼斯般的水巷时，《精灵宝可梦：水都的守护神》用波光粼粼的开场镜头，将观众拽进了一场关于羁绊与成长的夏日童话。这座以奥多马雷为名的水城仿佛被施了魔法，石桥下的阴影里藏着拉帝亚斯窥探的金色瞳孔，而圣马可广场的鸽群掠过之处，皆是传说中“心之水滴”的涟漪。
小智与拉帝亚斯的关系构建堪称妙笔。这只通晓人性的神兽初遇时像个调皮的捉弄者——故意指错赛道让小智在水上竞赛中摔得狼狈，却在反派逼近时突然展翅，用龙息撕碎阴谋的阴霾。它对小智的情感从戏谑到依赖的转变，藏在那些细腻的互动褶皱里：当男孩笨拙地递上水果，或是在巷弄追逐战中把它护在怀里时，神兽坚硬的鳞片下分明跳动着一颗属于伙伴的心脏。这种跨越物种的信任，比任何华丽对战都更贴近宝可梦精神的核心。
影片的叙事如同水流般自然舒展。前半段用狂欢节的面具与贡多拉船桨搅动喜剧泡沫，后半段却让拉帝欧斯牺牲时的慢镜头凝成永恒悲怆。导演汤山邦彦大胆舍弃了传统战斗场面，转而用姐妹俩在钟楼顶相触额头的瞬间，让“守护”二字有了具象的温度。当拉帝亚斯最终带着泪珠飞向朝阳，背景里管弦乐骤然升调，此刻影院里此起彼伏的抽泣声，或许就是对这部电影最好的注脚。
尽管反派动机像水雾般模糊，转折也略显仓促，但谁又会苛责这样的温柔呢？毕竟当片尾字幕升起时，每个观众都成了奥多马雷的荣誉市民——那些在水中闪烁的回忆，早已化作心底永不干涸的泉眼。