5年前の巡査部長夫妻殺害と1年前の警部補殺害の容疑で暴力団、龍丸会の会長・田野崎を逮捕した警視庁捜査一課特捜班。取り調べを進めるが、主任の直樹（井ノ原快彦）は、妙に素直に取り調べに応じ、ついには全面自供までした田野崎の態度が腑に落ちない…。 時を同じくして、警察庁審議官の桃子（名取裕子）が特捜班を訪ねてくる。相談があって警視総監・神田川（里見浩太朗）を訪ねたら、特捜班のところへ行けと言われたという。桃子は、ナイフを持った男に襲われた大学の後輩で検察庁・検事長の法子を守ってほしいと言い、直樹らが警護と襲撃犯の捜査をすることに。しかし、班長・宗方（寺尾聰）は桃子が何か隠しごとをしていると感じていた…。 早速、検察庁を訪れた直樹と新藤（山田裕貴）は、検察事務官の美里から、法子を襲った男を裏で操っているのは元検事長の杉浦だと告げられる。杉浦は自分の不倫スキャンダルを法子がジャーナリストの千夏にリークしたと思い込んで、逆恨みしていると言うのだ。さらに、杉浦は、龍丸会から分裂して巨大勢力になった帝都龍丸会の顧問弁護士をしているので、犯人は帝都龍丸会の構成員に違いないと憤る美里を、法子は検事長らしく“憶測だけで語ることは許されない”と、いさめる。 一方、法子の襲撃現場の防犯カメラの映像を見ていた志保（羽田美智子）と村瀬（津田寛治）は、慌てて立ち去る女を発見。それは杉浦の不倫スキャンダルの相手で銀座のクラブのママ・涼香だった。 数日後、特捜班に涼香が殺されたという連絡が。背中を刺され、布で目隠しされた涼香の遺体を目にした直樹らは、目隠しは犯人が何かを暗示しているのではないかと疑う。さらに、青柳（吹越満）と矢沢（田口浩正）の捜査で、涼香は十年前に龍丸会の会長・田野崎の愛人だったことが判明する。 涼香が何らかの理由で法子に接触しようとしていたこともあり、警護しながら法子の周辺も探ることになった特捜班。捜査にかこつけ、実は一目惚れしていた美里に話を聞きに行った新藤だが、龍丸会の男を見掛け、彼女と別れて尾行を開始する。するとその時、何者かが新藤の背中を刺した…！ 新藤も涼香と同様に布で目隠しされていたと知った直樹が、この目隠しは裁判において先入観をもたないという理念を表すテミス像を暗示しているのではないかと考え始めた矢先、新たな被害者が！
当特搜队办公室的灯光最后一次为案件亮起，霓虹闪烁的东京街头见证着这群刑警19年的热血与坚持。《特搜9特别篇：特搜队最后的案件》以深夜剧特有的沉静节奏，将一场跨越时空的悬案化作对警察精神的深情注脚。
井之原快彦饰演的浅轮直树系紧警徽的瞬间，指尖传递的不仅是角色的使命感，更承载着观众对整个系列的深厚情感。演员们用细微表情构建的人物群像令人动容——青柳靖那句“刑事の勘はデータより鋭い”中刻意强调的“より”，在数据侦查盛行的时代宛如倔强宣言；关西腔里一句随意的“まいど”，悄然唤醒大阪出身刑警的身份烙印。这些精心设计的语言细节，让特搜队员们仿佛真实存在于某个平行时空的警署走廊。
编剧深沢正樹采用双线并进的叙事结构，将五年前的巡查部长夫妻遇害案与当下的检察长袭击事件巧妙交织。当尘封卷宗里的证物照片泛黄边缘出现时，镜头语言突然呈现出老式日剧的颗粒质感，这种带有仪式感的视觉处理，使新旧案件产生历史回响。而最终揭晓的真相竟与队员三浦的私人往事形成镜像对照，令职业使命与人性抉择的重量同时压上心头。
影片最震撼之处莫过于对“正义代价”的探讨。税金泥棒的俚语背后是基层警员面对财政压力的无奈自嘲，矢泽英明关西腔道出的职场寒暄则暗藏同僚间的羁绊。这些生活化台词如同拼图碎片，最终拼出警察群体生存状态的真实图景。
作为系列终章，该剧并未陷入单纯破案的套路，而是通过系长办公室永远空置的座椅、结案后无人饮用的庆功酒等留白设计，让观众自行填补那些未说出口的遗憾。当片尾字幕升起时，特搜队的名牌在晨光中微微反光，仿佛诉说着：有些故事不必讲完，因为正义本身早已成为他们生命的底色。